Historia Iwonicza, miejscowości położonej w dolinie potoku Iwonka, sięga XIV wieku. Lokacja wsi na prawie niemieckim nastąpiła w XV wieku. Znaczną część mieszkańców stanowili osadnicy niemieccy. Pierwszymi znanymi właścicielami Iwonicza byli przedstawiciele rodu Iwanickich. W 1464 roku zbudowano modrzewiowy kościół parafialny.

W okresie reformacji, ówcześni właściciele Iwonicza, rodzina Sienieńskich, która była związana z protestantami, wybudowali zbór ariański, na którym umieszczono piękny zegar słoneczny.

W XVII i XVIII stuleciu bardzo często zmieniali się właściciele. Iwonicz w XVII wieku dotknęły różnego rodzaju nieszczęścia; powodzie, pożary, “morowe powietrze”, łupili miejscowość Tatarzy, Szwedzi, Siedmiogrodzianie. Mimo tych kataklizmów wieś powoli się rozwijała. W 1799 roku Iwonicz wszedł w posiadanie rodu Załuskich, do których należał aż do 1945 roku. Załusccy przyczynili się w znacznym stopni do rozwoju Iwonicza, byli także założycielami uzdrowiska. W drugiej połowie XIX wieku wzniesiono eklektyczny dwór, będący siedzibą rodową.

Pod koniec XIX wieku rozpoczęto w okolicach wsi eksploatację złóż ropy naftowej, przyczyniło się to w znacznym stopniu do rozwoju miejscowości. Na przełomie XIX i XX wieku, ówczesny proboszcz ks. Podgórski, założył zakłady dla nieuleczalnie chorych, prowadzone przez siostry i braci zakonnych. Okres dwudziestolecia międzywojennego przyniósł dalszy rozwój Iwonicza, związany z działalnością uzdrowiska i zwiększonym wydobyciem ropy naftowej. II wojna światowa spowodowała wiele ofiar wśród mieszkańców oraz spowodowała duże zniszczeń. Bardzo aktywnie na tym terenie działały oddziały Armii Krajowej.

W wyniku zmian ustrojowych, jakie dokonały się po 1945 roku, majątek Załuskich został przejęty przez państwo, doprowadziło to w efekcie do częściowej dewastacji pałacu i parku. W 1955 roku dokonano administracyjnego podziału miejscowości na Iwonicz i Iwonicz Zdrój. Współcześnie następuje dynamiczny rozwój miejscowości, zwiększa się liczba mieszkańców, powstają ośrodki oświatowe i przedsiębiorstwa produkcyjne.
Iwonicz Zdrój należy do najstarszych polskich uzdrowisk. Pierwsze wzmianki o leczniczych właściwościach tutejszych źródeł pochodzą z wydanych w 1578 roku “Cieplic” Wojciecha Oczki, lekarza nadwornego Stefana Batorego. W XVII wieku “cudowne” właściwości wód iwonickich były znane w całym kraju. Interesowali się nimi wybitni lekarze leczący koronowane głowy. Osiemnasty wiek nie sprzyjał rozwojowi uzdrowiska i dlatego nastąpił upadek lecznictwa w Iwoniczu.

Ponowny rozwój lecznictwa uzdrowiskowego nastąpił dopiero w wieku XIX, gdy ówcześni właściciele Iwonicza, Karol Załuski, a następnie Amelia Załuska, przystąpili do budowy pierwszych obiektów zakładu kąpielowego. W początkowym okresie prowadzono działalność uzdrowiskową tylko w sezonie letnim, a pierwszym stałym lekarzem był brat znanego poety Wincentego Pola, dr Józef Pol. Znaczny napływ gości, który nastąpił w połowie XIX wieku, spowodował rozbudowę tak zakładu kąpielowego, jak i innych budynków służących wygodzie kuracjuszy.

Do wybuchu I wojny światowej Iwonicz Zdrój przeżywał okres szybkiego rozwoju; zwiększała się liczba gości, powstawały nowe obiekty uzdrowiskowe, rozpoczęto butelkowanie i sprzedaż iwonickich wód mineralnych. Okres I wojny światowej uniemożliwił prowadzenie działalności leczniczej, ale nie spowodował większych strat w infrastrukturze zdrojowej.

W okresie międzywojennym nastąpił dalszy rozwój Iwonicza Zdroju, obok rodziny Załuskich zaczęli inwestować w zakłady lecznicze także inni przedsiębiorcy. Największą inwestycją okresu międzywojennego była budowa szpitala uzdrowiskowego “Excelsior”, który był własnością Związku Kas Chorych.

Okres II wojny światowej to najbardziej dramatyczny okres w historii Iwonicza Zdroju. Zakłady uzdrowiskowe zostały przeznaczone tylko dla Niemców. W uzdrowisku i najbliższych okolicach bardzo aktywnie działała Armia Krajowa, która w sierpniu 1944 roku opanowała miejscowość w ramach akcji “Burza”. Czasy okupacji niemieckiej spowodowały duże straty wśród ludności, wielu iwoniczan zginęło w walce lub zostało pomordowanych. Działania wojenne przyniosły także znaczne straty materialne – zniszczeniu uległy liczne budynki uzdrowiskowe.

Po 1945 roku nastąpiła nacjonalizacja Zakładu Kąpielowego, który stał się własnością państwa. W 1955 roku wyodrębniono Iwonicz Zdrój ze wsi Iwonicz, a w 1973 miejscowość otrzymała prawa miejskie. Okres powojenny to dynamiczny rozwój całego uzdrowiska, powstały liczne sanatoria, zwiększono w znacznym stopniu ofertę leczniczą, rozbudowano infrastrukturę sportowo-rekreacyjną (basen, skocznie narciarski, korty, ścieżki spacerowe itp.).